回国之后蒋介石在中国远征军所辖的空降部队与两栖登陆作战部队的主官问题上产生了犹豫，国内太多人削尖了脑袋往里面钻，托人情走门路的更是比比皆是，就连一项稳重的陈诚都显得也些动心，多方找人打探，进来夫人宋美龄也突然过问起了此事，蒋介石有些头疼不已，手心手背都是肉，但是这个空降部队与两栖登陆作战部队到底是干什么的？有什么战术特征自己还真不知道，不过他可以从高飞当初在开罗向罗斯福提出空降部队与两栖登陆作战部队的武器物资清单上看得出来，一个师能够顶国军普通三个师的消耗，这是一支精锐部队，凭心而论他也想让跃跃欲试的蒋经国去担任其中一个师的主官，现在国军主力汇聚南京城下，正在外围与日伪军进行要点的争夺战，当年日本人怎么进攻南京的，今天国军部队就调换一个方向攻打过来，不过此番中国军队已经占据的空中优势和地面炮火、装甲坦克部队优势，而日本人已经是久战疲惫之师，中国军队士气高昂战斗意志极高，青年军整编的第一批五个军的部队已经全部开赴作战一线，前线不断士气如虹，此消彼长之下，南京一战似乎胜负已定？
前线有前线的苦恼，后方有后方的烦忧，连续昆明闹出的舞弊之案涉嫌盗卖美援军需物资，涉及之广令人震惊，高飞的青年军是总预备队，说白了就是蒋介石把美援的武器物资都分给了下面的杂牌部队，也该你们在南京买命了，日军锋芒以挫之后才是第五军、第八军、第十军、第七十四军等等这批主力部队投入攻击，一旦全部合围日军，日军华北方面援军一动，高飞的青年军主力的五个军就势如破竹给予日军援军雷霆一击，扫荡华北日伪军残部之后，迅速转向平津地区直逼山海关，让日本人为了顾其后路被迫撤出北平，以免北平古城遭战火涂炭毁于一旦。
可以说从计划上看这就是典型的高飞式的作战，否则以国军将领的中规中距是万万不敢进行如此跳跃式的作战方式，高飞的战略设想是在击溃歼灭日军华北方面的机动兵力之后，亦断绝了日军对南京的增援，上海、杭州等地日军的兵力不多，硬性进攻还有一定海空军实力驻守的上海对于中国军队来说非常不划算，而且让繁华的上海滩变成血腥的大战场，毕竟仗是在自己家里打的，高飞在之前制订作战计划的时候还有是诸多顾虑的，况且复杂条件下的巷战不利于火力占据优势的中国军队发扬火力优势，现在中日部队尤其是青年军的火力已经远远超过同比的日军部队，重炮进城轰击的话，战后即便收复了上海，得到的野史一片瓦砾和废墟，日本人歹毒到了几乎不疏散中国老百姓，这也让高飞多了许多的顾虑，如果此战放在日本人家中打，高飞连毒气弹都敢公然投放使用。
作战计划虽然是高飞制订的，但是对外却称是参谋总部制订的，在外人眼中看似危险重重的作战计划，高飞看来却是微不足道，战争本来就是一场大冒险，战争的最大收益本身就在于冒险的程度，中国军队在总体战略上进取不足的主要原因还是由于一些人刻意保存实力所致，导致各部队之间尤其军一级根本谈不上什么战役配合与战术协同，所以此番蒋介石在高飞制定的作战计划上又改动了一些，搞了个督战队的架势，打得好兵员、武器优先补给，打不好直接撤销番号，整编部队就没你的份了。
如果是以往蒋介石只能用怀柔的手段，不敢激化与杂牌部队的茅盾，免得他们投敌叛国，现在形势不同了，开罗会议之后，整个国家与民族都如同被点燃了一般，到处都流动着爱国的激情，国家的强大不是一日形成的，但是这种民族精神意志却在一夜之间宛如一阵春风吹遍了华夏大地，中国军队上上下下精神气势为之一振！
更为主要的是蒋介石现在手里有了资本，自然可以大批大批的给武器，给兵员，下面的杂牌部队也没有后娘生的感觉，而且绝大多数杂牌部队的各级军官都是非常爱国的，以前征兵需要开枪围捕抓壮丁，而现在征兵点几乎被挤爆了，尤其是青年军的征兵点，每次都会发生因为插队引发的拳脚相加，以往宪兵和兵站的征兵队都是防着跑了壮丁，现在是维护秩序，以前臭大兵丘八被人看不起，现在弘扬爱国主义精神，各个仰头挺胸。
而且增设兵站补给站，可谓是一环连着一环，青年军后勤部统管战役作战各部的运输和分配，基本做到一碗水端平，杜聿明、廖耀湘、郑洞国、王耀武这些高飞的老相识总合计多吃多占，高飞无非从青年军的份额中分出少许即可，对此其他部队也毫无意见，少了军政部物资供给处等等一系列的环节，前线官兵能吃饱了，贪腐事件也少了很多。
本质上是对军政部起到了一个警示的作用，蒋介石的整军整编工作也准备由此打开突破口，治理贪腐亡党，不治理亡国，蒋介石也只好趁此东风良机准备清肃地方吏治，以军管形势暂时接替，蒋介石也清楚自己的行径是在冒险，清党岂能是一件容易之事，但是共产党的先进作风与人民拥护的程度让他嫉妒不已。
不过，此番昆明的美援物资大案还是牵动了蒋介石的神经，这种紧要关头出这种问题，实在影响中国在国际上的形象，谁人能去查，蒋介石思前想后唯有交待给高飞，也只有高飞才敢痛下杀手，自己也乐得清静，最为主要的是当前的战局还不需要高飞这个青年军总司令官兼远征军司令官亲抵指挥，不过在高飞离开重庆之前，蒋介石还有一件非常重要的事情要与高飞商议。