或许是织田信长临死前的恳求起到作用，源义时放弃处决织田家男丁的意图，即便织田信长的另外两个儿子茶筅丸、三七丸也没有处决，在奇妙丸元服礼的当天下午，两个孩子被送到大和国兴福寺内做小沙弥，今生都将在寺院僧众的看管下渡过。
对于织田信忠，源义时还是存着几分怜惜之意，这小孩子比他的嫡子足利义泰年长一岁，到如今也才虚岁十三而已，考虑到织田信长与自己多年亲交渊源甚深，这位尾张弄潮儿人死如灯灭也谈不上深仇大恨，更不需要忌惮他的儿子惹出祸端，毕竟那还是自己的女婿。
早些年织田信长就提出联姻的希望，最初是希望与足利家的嫡女缔结姻亲关系，可是源义时的嫡女一个个金贵的很，根本轮不到他家的嫡子迎娶，只好退而求其次让阿犬的长女足利幸姬嫁给他的表兄奇妙丸做正室夫人，也算一种亲上加亲的手段。
织田信长的葬礼草草举行，明智光秀早就内通关东将军府，又在那夜带兵杀入二条御所，所以他是肯定不会来的，羽柴秀吉与柴田胜家刚刚归顺也不敢来，丹羽长秀、池田恒兴被幽闭也不敢来，泷川一益被他的従兄泷川益重保举免除幽闭之苦，自然也不敢来，所以葬礼上门可罗雀，只有一帮织田家的遗老遗少来掬一把心酸泪。
浓姬作为遗孀带着刚元服的织田信忠答谢亲友，这时突然数百骑身披重甲的龙骧骑士闯入会场，身穿黑色朝服的源义时走入场中。着实把织田家的老人们吓的不轻。源义时无视这些人的表情。走到灵前上一炷香，后退几步双手合十为死者祈祷。
斋藤归蝶忙拉着织田信忠向源义时跪谢：“妾身惶恐，未想到右大将殿亲来……”
源义时笑着说道：“斋藤夫人免礼，余和信长相交一场也是缘分，虽然阵营所限敌我两分，但是余还是非常佩服他的才华和能力，他只是走上一条不该走的道路，余并不恨他。所以在他临行前送一程，想来也是一个友人应尽之责吧！”
斋藤归蝶十分感动，织田家如今的处境就差那么点变成过街老鼠人人喊打，源义时可以这么大大方方的对织田信长作出中肯评价，这并不是作秀而是对织田家的一种保护，右大将金口玉言对织田家将来的存身有着极大的帮助。
源义时笑着点点头，转而对畏怯的织田信忠，说道：“勘九郎，知道你父亲是因为什么原因而死的吗？”
“因为……”织田信忠紧张地回答道：“谋反。”
源义时严肃地说道：“你这么想就错了，他是因为自己的心太大了。虽然是个有才华有能力的武士，但是他的野心太大了。大到超乎每一个人的想象，大到连余也要和他对立，天下人都要与他对立，所以他死了！记住一点，不要恨你的父亲，他只是比这个时代多前进一步。
当然也不要恨余，即使余不杀他，早晚也会有人要杀掉他，逾越时代的人必将被抹杀，如果你真的要恨就恨这个乱世时代吧！如果是太平年景，就不会有这一场场人间祸事，不会有无数家庭妻离子散，不会让你的父亲死于非命了。”
织田信忠懵懂地点点头，少年人无法理解这么复杂的言语，只是默默的把他记在心里，他的潜意识里觉得他的岳父是位顶天立地的杰出武士，他的父亲也是以为富有智慧且又非常开明的武士，或许错的真的不是他们，而是这个时代。
这场多达四十二万军势参战的宇治川之战，最终以东军完胜西军坏灭收尾，东军乘胜追击扫荡西国、四国，在九月中旬时兵锋已经越过长门国登陆九州，正打成一锅粥的九州各路国人悚然一惊，忙不迭的向东军臣服。
大友家的使者仗着地利的优势以为自己来的最快，可当他们来到筑前国才发现岛津岁久早就坐在东军阵营里冲他们嬉笑，早在年初上皇下达纶旨的时候，岛津家就已经着手准备内通东军的计划，反西军的原因很简单，首先岛津家觉得东军必胜，其次源义时的亲笔信到岛津义久的案头，质问他到底还是不是镰仓御家人。
这一番言辞嵌入岛津义久的心田，御家人是岛津家最值得夸耀的故事，当年九州二十万大军扶老携幼追随足利尊氏，所为的无非是御家人对源家栋梁的天然服从，只不过后来冒出个今川了俊在九州搅风搅雨，险些把九州国人与幕府的关系搞僵，而这次源家栋梁是源义时，那是个信誉非常好的武士。
早在年初的时候同样的书信也寄给大友家，只不过受洗名弗朗西斯科的大友义镇压根不在乎，镰仓御家人对他来说实在太久远，他连亲爹都敢杀何况八竿子打不着的先祖，结果就造成来到筑前输诚的时候脚步慢了一些，随后赶来的龙造寺氏、相良氏、伊东氏等武家只能瞠目结舌的看着岛津家先一步得手。
九州平定的捷报传来，恰好赶上四国平定的消息，直至十一月大军凯旋而归，押解着各地的西军武士返回京都，源义时下达改易令对近畿、西国、四国武家大规模改易，三好、池田、松永、波多野、赤松、浦上、山名、长宗我部、河野、等大名及配下谱代家臣领地全部改易。
关于西国毛利家的转封，源义时又听取御连判众的意见，认为安芸、石见两国遮蔽阴阳两道与国不利，所以决定调整为出云、石见两国三十万石，宇喜多家获得备前半国十万石领地，尼子家转封备前两郡五万石，因幡武田氏获得伯耆国三万石，备中三村氏获得美作无万石。其他各小号国人获得安堵或转封不一而足。
大友义镇、龙造寺隆信、相良义阳、伊东义佑等九州武士对源义时的号令多有怠慢。虽然及时退出西军却无投效之意。因此归属西军之罪不可免，责令减封并转封亦必不可少，其中龙造寺隆信转封备后半国，相良义阳转封美作国五万石，伊东义佑转封伯耆国五万石，这个减封措施是非常严苛的。
大友义镇转封土佐一国，并告诉他别看土佐一国表高只有不到十万，其实开发新田只需三代人经营便可以提高到三十万石以上。好生劝慰他不要灰心丧气，大友义镇哪会信源义时的鬼话连篇，就算那土佐国真的有那么神奇又能如何？
他可是拥有九州探题，丰前、丰后、筑前、筑后、肥前、肥后六国守护的大大名，坐拥精兵六万俯瞰北九州辽阔的大地，可谓是战将入云猛士如雨，又怎么会让源义时一句话轻飘飘的减封到那犄角旮旯的穷地方，这个土佐国的表高才九万石，还不够塞牙缝的。
大友义镇很恼火，觉得这个右大将简直胡闹。当即就在京都联合龙造寺隆信、相良义阳，伊东义佑商量返回九州发动一揆。结果当晚的阴谋被忍军探知，服部正清带着长尾义景率领的检违非使闯进来，恰好抓住他们在他们写下誓书的空档，可谓是人赃俱获。
源义时得知此事大为震怒，当即就把参与谋逆的九州武士全族俘虏，阖家老幼一起流放到奥州开山挖矿，并处以领地罚没改易的处罚，大友、龙造寺、相良、伊东这四氏的旧臣择优录入东军体系内，如立花道雪、高桥绍运、锅岛直茂等人被直接登为御家人，如甲斐宗运这样强硬派则被一同流放到奥州。
接着就是转封己方的大将，在这个时候却遇到一个难题，是不是应该以征夷大将军的名义开幕，回归大内里的正亲町上皇也在敦促源义时开幕，可朝廷却遇到一个很大的麻烦，当今天皇是足利义昭与织田信长拥立的傀儡，按道理应该废黜流放这个伪皇，比如平清盛曾经拥立的安德天皇就属于这种伪皇，一旦平氏政权崩溃就导致安德天皇跟着平家霸业一起跳入大海自杀，
现在足利义昭与织田信长一囚一死，按照规矩这位伪皇起码要废黜流放处置，可流放这位天皇又要带来一个麻烦，正亲町上皇就只有当今天皇一个嫡子，流放他就必须从伏见宫亲王家扶持一个亲王做天皇，这是正亲町天皇以及朝廷公卿们所不能允许的。
源义时要开幕就必须解决这个麻烦，从夏天打完宇治川之战一直磨蹭到入冬，他就一直呆在京都想办法处理这个巨大的麻烦，理智告诉他应该趁机扶立伏见宫亲王家的孩子做继承人，正亲町上皇恰好有几个犹子就是伏见宫亲王家的嫡子。
可若考虑到朝廷与幕府的关系，他又应该作出这么明显的行为，很容易让人联想起跋扈的北条家，还有同样嚣张的足利尊氏，这样或许会为给幕府与朝廷造成一定的隐患，还会给自己的子孙开一个很不好的头，让他的子孙以为欺负朝廷是一件很容易的事。
当将军不懂得尊重朝廷的权威，就是蔑视武家法度践踏制度的开始，自己制定的法度朝令夕改肆意践踏，就没有资格让人心服更没办法取信于世人，恶的花朵在跋扈中悄然绽放，一如德川幕府两百多年里对朝廷的前倨后恭，最终覆灭一样。
就在他苦恼着不知该如何处理棘手的麻烦，长尾虎姬带着夫人和孩子们来到京都，跟随一起到来的还有他的嫂子近卫贤子以及源义时的两个养女足利辉姬、足利淳姬，当他看到足利辉姬变成越发出落的大姑娘，心里顿时灵光一闪。
“禁中之变里，劝修寺晴丰伙同二条晴良充当佞臣的角色，虽现在已被幽禁于家中不得出户，但他的妹妹藤原晴子却安然无恙，参与谋逆的罪臣之妹不应该继续做女御……”
脑袋的念头一冒出来就无法遏制，源义时不禁抚掌大笑道：“即便让藤原晴子继续做女御也无关紧要，其所生的孩子也将变为庶出而失去成为天皇的资格，所以余决定恭请天皇早立中宫！辉姬生于弘治元年（1555年），年龄比天皇略小三岁，正是一对佳偶，就这么定了！”