吉良义时的用意不难猜度，越中两个最大的地头蛇带着十万领民转封到加贺国，并且是一个掌握能美郡大片山区及一大段手取川的河流资源，另一个在河北郡掌握大片不下砺波平野的肥沃领地，两人一南一北，一个山区河流一个沿海平原，注定各自的利益取向各不相同，可以确保他们不会因为转封引起不满。
同时通过转封的方式，把越中大片领地的实际控制权拿到吉良义时的手中，再算上妇负郡的上杉辉虎新封旗本知行领，以及鱼津城附近的山本时幸旗本知行领，吉良义时和谱代家老就基本掌握住越中七成以上的领地。
“余还有一个计划，就是命令安田治部少辅长秀为大将，率领平贺左京亮、山岸隼人佐、土肥美作守、香取弥平太、河上弥六郎等两千越中军势负责平定飞騨，将亲武田的三木氏、江马氏通通打压下去，并又神余隼人佐负责统建飞騨奉行机构，务必要将飞騨境内亲武田势力全部清除，未来的战略就是配合信浓的真田弹正殿攻略伊那郡。”
这几年看起来越后一帆风顺没闹出大乱子，好像只要是个傻子做家督也能干的像吉良义时那样好似的，其实一切并没有表面看起来那么简单，吉良家臣团的构成十分复杂，早在近江的时候就出现近江派与三河派内斗的事情，近些年随着吉良义时下向越后，通过一系列胜利确立无可撼动的威望，才逐渐将近江派与三河派以及幕府派的所谓派系内斗风险压下来。
旧的问题消失伴随着新的问题出现。如何协调越后本土家臣团与原吉良家臣团的关系。这始终是摆在吉良义时以及一干谱代家老面前的巨大难题。即便以吉良义时的崇高威望也需要在这个问题上慎之又慎，通过战争的统一指挥，福利待遇的统一给予，功绩封赏的公平合理。
以及最重要的一点，越后的农业开发带来的巨量红利，才逐渐填平两派之间就知行、待遇等各种问题产生的巨大摩擦，即便做到近乎万无一失也无法阻止那些时常出现的微小碰撞，大问题上团结小事情上其龌蹉。磕磕碰碰的总不能安泰就是越后家臣团的写照。
随着这几年信浓的基本平定，上野国的全线靖平以及今年先后平定的越中、加贺、羽前三国，家臣团的成员数暴增一倍有余，从属的国人更的多的数不胜数，一大堆安堵本领的文书以及相关的转封令写的他手都发酸，许多从没听说过的家臣已经成为他配下的重要组成部分。
家臣来源越来越广，协调各派利益就得越发的谨慎小心，不能因为威望高就可以对家臣、国人肆意处置，肆意妄为的后果只会是吉良家的上升势头就此打住，说不定还会陷入巨大的内乱与麻烦之中。尤其是各方旗头大将分拨设立军团各自立功的时刻，作为家督更要协调好各军团的进攻节奏。寻找平衡点确保不生龃龉不出问题。
永禄二年的吉良家并不平静，除去出羽、越中、加贺的几场战争之外，还有一场持续整个夏天的信浓战争。
自从吉良义时与上杉辉虎率军各自出阵以后，真田幸隆带着上万大军守在佐久郡花费几个月时间守备上野国的安全，直到确定北条家发动三船山合战无力北顾上野之后，他才率领军势紧急返回筑摩郡主持对诹访郡的进攻计划。
一万七千大军分成两部分，村上义清率领其中的五千军势越过塩尻峠对南信浓的荒神山城发动进攻，他的进攻计划非常突然也十分巧妙，这个突袭着实打的伊那郡内从属于武田氏的国人众一个措手不及，因为伊那郡的向诹访郡的联络通道被吉良军切断，以至于诹访郡内驻守的武田信繁都不知道伊那郡被突袭。
这也不能怪武田信繁不小心，塩尻峠确实有一条通道连接伊那郡，可以擦过诹访郡轻而易举的进入南信浓的腹地，可这条通道平时几乎是不怎么使用的，这条通道到底比不得信浓街道宽阔平坦，而且这条通道四周都是层峰迭嶂的大山，其中就盘踞着不少野伏盗匪等不法之徒，所以行走的危险性就大大增加。
因而伊那郡的商人明明可以走这条通道，就可以进入筑摩郡并节省许多冤枉路，可若考虑到那条道路都是荒山野岭时常有盗匪袭击，还要增加额外的雇佣浪人费用就大大的不值，愿意考虑走这条路的都是小商人因为可以节省路程和时间，大商人要么不愿意来穷乡僻壤的伊那郡，要么都选择走信浓街道宽敞的大道。
起码沿途人烟稠密有宿屋投宿，不用担心在荒野里无处可住还要时刻提防被盗匪袭击，村上义清经过这条山道时顺手收拾掉附近的盗匪野伏，还捉来几个在笑傲山林颇聚集几百喽啰的的山匪头头，他们本人就是伊那郡内国人众的亲族庶出，因为各种原因被撵出来自谋出路。
因为本就是些不学无术的家伙，出奔到外也没有武家愿意收留，走投无路就跑到附近的大城山、穴仓山、雾访山、大芝山之间落草为寇，平时以打家劫舍欺男霸女为生，随着信浓的大混乱到还真汤们渐渐混起声势来，随后又和各自家族建立联系，形成家族为其庇护躲避郡司围剿，山匪头头就把抢来的利益分润出部分给各自家族里的形式。
有这个几个地头蛇充当带路党，使得村上义清的突袭行动的效率及隐蔽性大大提高，所以待村上义清带着吉良军突然杀入伊那郡来到荒神山城外的时候，荒神山城的城主草间备前守完全没料到自己会被突袭，城内三百守军面对突如其来的五千军势以及威名远播的村上义清，无论在士气还是准备上都处于绝对的下风。
笼城死守整整三天，最终还是因为兵力稀少士气低下而笼城失败，村上义清几乎没费太多力气就攻破大手门依次敲开两侧曲轮以及二之丸，草间备前守带着五十余足轻退入本丸，试图依托本丸的地利优势做殊死抵抗，但他那点兵力实在不够看，坚持没半日就寡不敌众被岛津忠直讨取首级。
此战村上军只受到些许微损，本就趁其不备突袭城砦，若不是为减少损失封锁消息花费点手脚，只怕围城第二天就能攻破这座城砦，作为别动队的须田满亲领着两千军势越过天龙川，封锁只有咫尺相隔的羽场城。
这座山城距离荒神山城实在有些太近，几乎能把荒神山城上的大动静都看清楚，城主小笠原重次郎又是极早背叛小笠原长时的一门众，天文年间分封到此地建造羽场城，这种死硬份子是不能姑息放纵的，在荒神山城落城后没多久，这座只有一百六十余守军的羽场城也被攻破，城主小笠原重次郎知道自己不可活命，就很干脆的剖腹自杀。
随后几天村上义清的军实如疾风烈火的连破几座城砦，渐渐的吉良军突入伊那郡的风声流传出来，在三好家做过几年客将返回家乡的藤沢赖亲当机立断，命令其亲侄子兼养子的藤沢重时打开福与城、箕轮城向吉良军降服。
这一家子可算的上是南信浓铁杆的反武田国人众，藤泽赖亲本人是伊那郡内有力国人，藤沢氏本是诹访大射的大祝诹访氏一门别流，其妻是小笠原长时的嫡亲妹妹，跟小笠原长时是穿一条裤子的义兄弟，对自己的宗家诹访氏家业一直觊觎着。
因此在天文十年（1541年），武田信玄继任家督之位发动对诹访郡的进攻时，藤沢赖亲与同样觊觎宗家基业的亲族一门高远赖继联合，携手武田军一同对诹访郡发动进攻，最终把诹访赖重害死，藤沢赖亲与高远赖继两个蠢蛋又放任武田信玄拥立的诹访赖重遗儿无能为力，最终在武田军与愤怒的诹访国人共同进攻下，两人不得不向武田信玄低头降服。
又过几年，武田信玄在上田原迎来人生中的第一场惨败，不但损兵折将撤回甲斐还让自己受了不轻的伤，最后不得不躲在汤谷温泉疗养不出，藤沢赖亲与高远赖继一合计觉得这是个千载难逢的好机会，于是就在当月掀起反旗联合小笠原长时要对诹访郡动手。
后面就是倒霉的塩尻峠之战，小笠原长时一是不察竟没识破武田信玄的计谋，满心以为还要七八天才能杀到塩尻峠，结果就在当夜被武田军突袭打的狼狈而逃，就连自家世代居城林城都被一把火烧掉，基业丢失的小笠原长时仓惶逃亡村上义清处避难，这可坑苦伊那郡一帮翘首以盼的好亲友。
随着小笠原长时兵败的消息传入伊那郡，藤沢赖亲与高远赖继真是惶惶不可终日，武田信玄的大军果然掉头直奔伊那郡而来，高远赖继还彷徨迟疑着该怎么应对的时候，藤沢赖亲就果断放弃节操联络上关系密切的武田氏足轻大将秋山信友，由他作为中介秘密降服武田军。