东林党人是从在野起家的，罢免东林党人并不能阻止其活动，只要留有星星之火，早晚还会燃起烈焰。在天启的支持下，魏忠贤等人决定将东林党赶尽杀绝，并从肉体上消灭其骨干分子。
锦衣卫和诏狱，直接受命于皇帝，可以不经过司法程序对大臣进行抓捕和审讯，让东林党人在用刑过程中“意外”死亡，是从肉体上消灭东林党的快捷方式。
这次，魏忠贤仍将突破口选择在汪文言身上，因为他身上的污点最多（而且他认识的人最多，了解的事也最多），制造了六君子之狱。
天启五年（1625年）三月，汪文言被捕入诏狱北镇抚司，掌北镇抚司事指挥是魏忠贤的爪牙许显纯，许显纯贯彻落实魏忠贤指示，对汪文言进行刑讯逼供，让他供出东林党人收受杨镐、熊廷弼贿赂的情节。
杨镐和熊廷弼分别于万历四十七年和天启二年在辽东惨败于后金，被捕入狱，传闻二人为了保命，托人打通关节，求助于东林党人。
腐败的事情一般都极隐密，明代也没有录音、录像等取证手段，杨涟等人是否收受贿赂捞人，己很难考证，不过对于狱卒出身的汪文言来说，这活是老本行，轻车熟路，此罪名不似空穴来风。
不过此时杨涟等人是否有罪己经不重要了，魏忠贤欲以此为借口诛杀他们，他们己有死无生。
五月初，汪文言在监禁中被折磨至死，魏忠贤拿着据说是伪造的汪文言供词将杨涟、左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顾大章六人逮捕下狱，同时将赵星南、邓渼、毛士龙、王之寀等十五人削籍并追赃。
六月二十八日，六人先后到位，阉党开始对他们施以各种酷刑。
左光斗分析了阉党的意图，认为阉党可能会在刑讯逼供中打死他们，或是暗害于狱中，然后对外宣称是病死，掩人耳目。
他们认为，好汉不吃眼前亏，不如及早承认罪行，这样可以移送司法部门，走正常程序审理，那样就可以保住一条命，将来还有东山再起的机会。
于是，杨涟等六人很快招供。
然而狡猾的魏忠贤并没有中计，逮捕他们时，就没打算让他们活着出来，拿到供词后，魏忠贤以追赃完以后再送刑部审判为由，命人继续对他们用刑。
史料记载：杨涟受刑最多，五日一审。许显纯令将他头面乱打，齿颊尽脱；钢针作刷，遍体扫烂如丝；以铜锤击胸，肋骨寸断；最后用土囊压身、铁钉贯耳而死。尸体被领出时，竟已全部溃烂，惨不忍睹，等到收殓时，仅得破碎血衣数片，残骨数根。
左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞也都相继在七、八月份被虐杀，只留顾大章一个活口，以便移交刑部定罪，向社会交待。
刑部按照魏忠贤的意思，将六人判处死刑，并将六人罪行诏告天下，顾大章在刑部走完程序后，魏忠贤急于灭口，要求将顾大章移交回诏狱，顾大章哪里还肯回去受罪，于九月中旬自杀身亡。
杨涟等人死后，魏忠贤令人用利刀将他们的喉骨剔削出来，各自密封在一个小盒内，直接送给魏忠贤亲验示信。面对喉骨，魏忠贤得意洋洋道：诸公别来无恙，还能上书否？
天启六年1626年）二月，魏忠贤又制造了七君子之狱，将东林党人高攀龙、周宗建、缪昌期、李应昇、周顺昌、黄尊素和周起元害死。
事件起因和黄尊素有关。黄尊素在汪文言上次入狱时曾经营救过他，也曾跟风杨涟弹劾过魏忠贤，后被削籍回家。
黄尊素回到家中以后，与非忠贤党的苏杭织造太监李实交往甚密，于是有传言说黄尊素要仿造杨一清用张永诛刘瑾的故事，用李实杀魏忠贤，魏忠贤得知后命心腹太监李永贞以李实的名义起草了一个奏疏，弹劾黄尊素等六人。
罪名与周起元有关。周起元曾任苏松十府巡抚，李实告他任巡抚期间，贪污十万公款，用于东林党人的活动中。
奏疏一上，立刻得到天启批示，着锦衣卫“扭解来京究问”。
三月，高攀龙闻迅后投水自杀。
逮捕周顺昌和黄尊素的缇骑在苏州遭遇了民众的民变（后有五人因此被处死，魏忠贤倒台后被合葬于虎丘旁，时人留有名篇《五人墓碑记》），事后周顺昌和黄尊素自投诏狱。常州也发生了保护李应昇的民变。
从四月到九月，六人先后都惨死于狱中。
据统计，自天启四年十月至天启七年八月，东林党人被杀于狱中的有十多人，被发配充军的有几十人，被削夺的有三百余人，其它革职降级的不可胜数，东林党人遭到毁灭性打击。