天启二年（1622年）八月，孙承宗以内阁大臣的身份赴辽督师，天启对他寄予厚望，赐予尚方宝剑，并派阁臣送他到崇文门外。
正如我们前面所说，经营进攻要比经营防守困难的多，需要真的军事才能和巨大的勇气，未经实战的文官是很难胜任经营进攻的任务的，他们大多只能经营防守，孙承宗也不例外。
孙承宗到辽东以后，提出“守关外以捍关内、先固守以图恢复”的工作方针。这个方针听起来很漂亮，其实不过是虚文，真正有意义的就是“固守”这两个字。
如何固守，当然是修筑城堡。
但是在施工之前还有一件事情要做，就是要把盘据在关外的蒙古部落赶走。广宁大败后，蒙古哈喇慎部乘虚而入，占据关外，并赖着不走，号称协防，实际上就是想敲诈明朝一把。后来孙承宗派袁宗焕前往哈喇慎部散了点钱财，蒙古人才怏怏离去。
蒙古人走了以后，孙老师摇身一变，成了孙总工程师，在关外大兴土木，掀起了建设**。
建设的重点就是所谓的“关宁防线”，“关”指的是山海关，“宁”的得是宁远。“关宁防线”指的是从山海关到宁远之间的一系列城堡。重点是宁远城。
天启三年九月，宁远城正式开工建设。
孙承宗上任后，重新进行工作分工，佥事袁崇焕的分工是“建造营舍”。
袁崇焕主守宁远，又负责工程，这样，修建宁远城的责任就落到了袁崇焕的身上，不过袁崇焕只是监工，具体干活的包工头是游击祖大寿。
广宁战役中祖大寿率军避守觉华岛屿，犯了死罪，孙承宗督师后，提出“以辽人守辽土，以辽土养辽人”的用人方略，祖大寿世居宁远，不仅是辽人，而且是“土著”，非常符合孙承宗的用人方略，因此，孙承宗免其不死，先是让他辅佐金冠守觉华岛，后来又让他来建设自己的家乡宁远。
正是在修建宁远城的过程中，袁崇焕与祖大寿结下了深厚的革命友谊。
工程初期祖大寿觉悟不高，认识不到位。他认为朝廷不会长期坚守宁远，在施工时比较了草。袁崇焕打算亲自驻守宁远，宁远城的质量关系到他的身家性命，因此对工程的认识要比祖大寿高得多。
他批评了祖大寿，帮助他提高认识，树立质量就是生命的观念，并亲自量化指标，规定宁远城“墙高三丈二尺，雉高六迟，址广三丈，上二丈四尺”的标准，要求祖大寿务必按时保质完成任务。
一年以后，一座雄伟的宁远城拔地而起，成为明朝在关外的一座重镇。孙承宗让袁崇焕和骁将满桂共同驻守。
在修建宁远的同时，孙承宗在山海关到宁远之间还修建了中前所、前屯卫、中后所等城堡。
辽东的工地上，灰尘滚滚。衙门里的乌烟瘴气一点也不比工地上小。
孙承宗不仅善于搞建设，在人事斗争上也是一把好手。
在进行硬件（城堡）建设的同时，孙承宗对于软件（干部队伍）的建设也抓得非常紧。
蓟辽总督王象亁与王在晋交好，在对待蒙古人的问题上与孙承宗产生了矛盾，被迫离职。孙承宗以统一事权为名，建议不再推任蓟辽总督，被批示同意。
辽东巡抚阎鸣泰本是孙承宗推荐的，但后来二人对许多问题意见不一，渐渐地不和谐起来，在孙承宗要求下，朝廷将阎鸣泰罢免，代之以张凤翼。
然而张凤翼还不如阎鸣泰，他整个一个王在晋第二，他主张守山海关，反对出镇关外。孙承宗刚赶走了阎鸣泰，一时不方便再驱逐张凤翼，就请求皇上让张凤翼出镇宁远。
张凤翼本来就反对出镇关外，孙承宗偏要让他上前线驻守宁远，这摆明了是挤兑他。张风翼气不打一处来。
张凤翼对孙承宗无可奈何，就将矛头指向了他的心腹主将马世龙，阻扰孙承宗出关的政策。他指使广宁道佥事万有孚并通过给事中解学龙等人弹劾马世龙。
不久万有孚遭到蓟抚岳和声弹劾，张凤翼怀疑是马世龙、袁崇焕等人指使。
孙承宗也出面为马世龙辩护，指责万有孚构陷马世龙，万有孚很快就被罢免。
就这样，官员们结成两派，互相攻击，官司打得不可开交，比当年的“经抚之争”还要热闹，可怜的天启每天都是一脑门子官司，几乎成了最高法院院长。
孙承宗作为辽东地区的最高长官，又深得皇帝信任，因此，他几乎打赢了每一场官司，因此他的主张也得到了贯彻落实。
宁远建成后，孙承宗决定更进一步，向东挺进。天启五年，他派兵进据锦州、松山、杏山、右屯等地，最远推进到大、小凌河。
从山海关到宁远有200里，从宁远到右屯又200里，这样孙承宗就“光复”了400里国土，并建成了以宁远为中心的所谓关宁锦防线。
不过这些城堡都处在河西地区，努尔哈赤对河西地区一点都不感兴趣。
早在广宁战役后，他就己经把河西吞到肚里，后来觉得消化不良，有点涨肚，就又吐了出来。
因此，孙承宗到目前为此，还未收复河东寸土。他就是给河西地区罩上一个铁盖，对于努尔哈赤来讲，也是不痛不痒。
天启的志向是要收复河东，这是一个极限。这是努尔哈赤忍受的极限，也是明朝大臣们能力的极限。
这个极限的后面，不仅有凶悍的八旗兵，还有比八旗兵更可怕的众多奸细。
因此，河东地区是考验明朝官兵能力的试金石。
孙承宗不断把防线向东推进，他离河东越来越近，离失败也就越来越近，很快孙承宗就会对自己的战略和能力有一个新认识。
天启五年九月，孙承宗派马世龙率军进攻河东，马世龙遣前锋副将鲁之甲、参将李承先率小股部队，从娘娘宫渡口过河，夜袭后金耀州，大败于柳河，鲁、李二将战死，死亡士卒400人。
言官们纷纷弹劾马世龙，连及孙承宗。天启下旨“切责”马世龙，但并未给予任何处分，只是让他戴罪立功。
孙承宗先是进行辩护，最后又告老还乡。
孙承宗的时代结束了。
对于孙承宗的离任，许多人认为是阉党排挤的结果。的确，孙承宗有东林色彩，他离任前阉党正大力排挤东林党人，他的离去，与当时的形势有关。
但是，孙承宗离去是辞职，而不是被罢免，天启也并没有对他失去信任，他的党派色彩并不浓厚，他离去的时机，也是明军与后金发生接触的时候。
因此，他的离去恐怕与他在辽东的战略遇到了困难有关，他把战线推进到了努尔哈赤的眼皮底下，处于一种进退两难的境地。再前进一步，就是惨败，柳河之败己为他敲响了警钟。而此时东林党失势，他在朝中失去奥援，如果战败，没有人站出来替他说话，提供保护。
在这种双重压力下，告老还乡无疑是一个最明智的选择。于是，孙承宗来了一个华丽的转身，完美谢幕。
孙承宗此前已屡加左柱国、少师、太子太师、中极殿大学士等称号，这次辞职又加特进光禄大夫，荫子中书舍人，赐蟒服、银币，并享受行人护归的待遇，极其尊荣。
狡猾的孙承宗力排众议，以高姿态选择了一个高难度的“出镇关外”的难题，在花了国家大量的钱财，把所有长脸的事情都做完了，为自己挣了个盆满钵满。在最后关头，在极限面前，又来了个金蝉脱壳，使自己成功地躲过了身败名裂的下场，并为自己赢来掌声一片，而把难题和风险留给了继任者。
此外，孙承宗在辽东四年，致力于防守，把有限的人力物力投入到修筑城堡上，并没有投入到部队的建设上，没有打造出一支强大的军队，因此明朝也就永久地失去了与后金决战的机会。
他所留下的所谓“关宁锦”防线，貌似强大，实际上是标准的“马其诺防线”，因为后金缺乏攻打的兴趣而存在了一段时间。
这个防线的存在，就像一个巨大的陷井，使明朝对关外欲罢不能，不仅需要巨大的维护费用，而且使明与后金不时发生战争，始终拖累明朝，最终将明朝拖垮。
孙承宗走了，走得很潇洒。
给明朝留下了一个巨大的阴影，和一个既不能攻，又不能守的平沙落雁似的难看的防守姿势。