就在姚兴华上表请奏朝廷批准两江组建新军的同时，姚兴华就已经提前开始为新军的组建，做起了准备工作工作。通过两江总督府，向所辖境内的所有驻军，下发了条文，要求各地驻军在五日之内，将年龄在十八至三十岁，身高在一米七以上，无吸食鸦片、扰民等不良记录者，统一登记造册上报两江总督衙门，为新军的组建，提供候选兵员。
因为计划中编练的新军仅有两镇一万人，这点人马对两江现有的军队编制几乎没有触动，而且看上去也仅仅是打算编练新军，并没有要改革现有军制的样子，也没有迹象表明，将会触动到这些个军大爷门的利益，所以一个个倒也没有如姚兴华预期中的那样，跳出来说三道四的，阻挠破坏。
在还没有得到朝廷的正式批复之前，姚兴华在军务方面能做的，也就只有这种程度了，只要再往前走一步，就肯定会有人出来参姚兴华一个图谋不轨的罪名，虽然不见得朝廷真的会因为这么件小事，就把他这样的封疆大吏给治了罪，可姚兴华也不想刚当上护理总督没几天，就有人参自己这么一条重罪，所以姚兴华只得把军务暂且放下，将全部身心全力投入调整工商业体系结构，加快经济建设中去。
而且在姚兴华看来，没有先进的工业体系，繁荣的贸易往来，雄厚的经济基础，就算朝廷同意自己组建十万新军，恐怕自己也是即没钱买枪买炮，也没有能力造枪造炮来武装他们。而想要推动经济快速发展，早日步入工业化，就必须要依靠民间资本，依靠他们的雄厚物力、人力和财力，大量投资企业，兴建工厂，可是在如今这么一个大环境下，想要让民间资本在没有官方的带动下，自愿、自觉地投资实业，开厂兴业，那简直就是在痴人说梦。
所以，姚兴华必须要向在广东开办洋务时所作的那样，先由官方出面，投资兴办一家超大型的工厂，以此来吸引、带动民营资本投资实业，可今日的两江，不可能像去年的广东那样，在向朝廷要钱兴办一个大型铁厂，只能自己挖潜。
思来想去，姚兴华便把这挖潜的对象，瞄向了坐落在上海的江南制造局和南京的金陵机器制造局身上。按照姚兴华的想法，是打算按照两家各自侧重和专长，重新进行整合，将江南制造局下设的机器厂、枪炮厂、火药厂、汽炉厂西迁至南京，归入金陵机器制造局。将铸铜厂、铸铁厂、炼钢厂重组为上海重工集团。将广方言馆改建为上海外国语学院。将翻译官其他三省现有书局合并，成立两江传媒集团。而江南制造局则仅保留轮船厂一厂，更名为江南造船厂，至此，自1865年李鸿章创建至今，经历了二十四年风风雨雨的江南制造局不复存在了。
伴随着江南制造局改组为江南造船厂，两大制造局的经费数额也跟着发生变化，其中江南造船厂由今年原定计划的五十五万两消减为三十万两，金陵机器制造局由定额十五万两提高到四十万两之外，姚兴华还分别要求江南造船厂与琼州（海南）船政局、金陵机器制造局与琼州重工集团总公司搞联姻，进行全面合作，共同研发新式武器装备，在技术上进行互补。至于新组建的上海重工集团，姚兴华经过再三地考虑之后，决定将其出售给自己私人的琼州重工集团总公司。
经过此次改组和联姻，金陵机器制造局从琼州重工集团总公司得到了名义上是琼州枪械局设计，并取名为式的，实际上德国八八式委员会步枪的生产图纸，除此之外，琼州重工集团总公司还提供了包括无烟火药配方、世界先进水准的蒸汽机设计图纸（最高效率14％，转速500转/分。）在内的数种先进工艺。在获得这些先进工艺和图纸后，金陵机器制造局马上着手对现有机器设备进行改进，不足的部分也立即通过与出使英国大臣刘瑞芬联系，拜托其帮助购进，并计划在一零年正式开始生产上述新式产品。
而江南造船厂，也在琼州船政局的帮助下，开始自行设计建造排水量三千吨级的钢甲巡洋舰，这艘现在还处于图纸作业时期的巡洋舰，在性能方面丝毫不亚于德国伏尔铿造船厂建造的，单艘造价高达近九十万两白银的经远、来远两艘铁甲巡洋舰。由于拥有姚兴华从现世带来全套技术资料、设计图纸和理念，两家造船厂的技术人员，现在的工作仅仅是在研究是否有可以继续改进的地方。
因为不存在任何的技术难关，所以这艘巡洋舰，最早将有望在明年，也就是光绪十六年，公元一零年正式开工建造，再搭配使用金陵机器制造局设计生产的新式高功率蒸汽机，琼州重工集团总公司设计生产的琼州（甲）钢，，甚至有望达到致远号的18节，在防护能力一项，也将极为惊人，甚至有可能会超过此时东亚地区的海上巨无霸定、镇二舰。现在唯一的问题，就是该找谁来为这艘具有世界先进水准的巡洋舰买单。
而且经过这次重大改组，在两江地区形成了上海-南京重型工业带，再加上徽商和湖商早已大量兴办的缫丝、织布等纺织行业现代化工厂，两江第一次露出出全面迈入工业化的苗头。