作为兵部尚书，杨嗣昌理应对此次虏变负责，按照先例，他应当被处死。然而崇祯仅给予他象征性的处分，还让他主持处分别人。
有些大臣对此很有意见，上疏请治杨嗣昌之罪，崇祯坦护杨嗣昌，为压制舆论，他处分了上疏的大臣，这让群臣更加忿忿不平。
杨嗣昌很有自知之明，屡次上疏引罪，崇祯仍持优容态度，他的内心深感不安。
不过他很快就用不着内疚了，因为他有机会将功赎过了——张献忠在谷城复叛，他正可以借此机会消灭张献忠，以此堵住悠悠众口。
张献忠为什么复叛？
许多人认为张献忠复叛是必然的，因为他受抚后不解散部众，还在谷城打造兵器，屯集粮草，俨然国中之国，所以迟早还会造反。
持这种观点的人可以考虑以下四个问题：
一、张献忠并没有在清军入寇，明朝陷入一片混乱的时候复叛，而是清军刚刚撤离以后复叛。如果张献忠蓄意而为，他应该选择在明军最虚弱的时候行动。换个角度看，清军撤退，恰恰是明军腾出手来，解决历史遗留问题的时候。
二、除张献忠以外，其他多支中原民军也保持了相对独立性。这种相对独立性，是民军接受招抚的一个潜规则，一个隐性条件，不能简单认为，有一定的独立性，就意味着心怀不轨，必定复叛。
三、张献忠部早年曾惊凤阳祖陵，打出“古元真龙天子” 的旗号，崇祯对此耿耿于怀。后来杨嗣昌出师平叛时，崇祯指示：献忠曾惊祖陵，绝不可赦，其余剿抚互用。
四、当时整个民变处于低潮时期，国内一片风平浪静，张献忠没有必要冒险逆势而上，相反，朝臣中要求突袭消灭张献忠的声音始终没有停息过，清军撤离后，明军暗中向中原一带移动。
综合来看，张献忠复叛应该不是单方面的因素，民军有被迫的一面。
张献忠要保持独立性，官军不允许其保持独立性，务要撤底解决内部问题，不留隐患，以便全力对外，矛盾不可调和。
这是复叛的根本原因。
张献忠是延安卫柳树涧人，世代为兵。和李自成一样，张献忠也有一个辛酸的童年。
小的时候他和父亲一起到四川内江卖枣，他们赶着驴车四处叫卖，虽然当时没有城管驱赶他们，但却受到了当地豪强劣绅的欺负。
有一次，他们把驴拴在一个乡绅家的石坊上做买卖，期间驴子又拉又尿，污染了石坊的柱子。乡绅家的仆人看见了，破口大骂，给了张献忠的父亲一顿“竹笋炒肉”，并勒令他用手把驴粪捧走（令以手鞠他所）。
张献忠见此情景，敢怒不敢言，心中暗暗发誓：我将来一定要把你们都杀死，才能解我心头之恨。后来张献忠入蜀，果然将内江民众屠杀一空。
长大后，张献忠先是当兵，后来做了捕快，一直在刀口上讨生活。
崇祯三年，混不下去的张献忠响应王嘉胤造反，在米脂占山为王，自称八大王。
从“参加革命”的时间以及实力上看，张献忠处于第一方阵的末端、第二方阵的前列这样一个位置。
如果按照“大逆不道”、“残忍”、“狡黠”、“破坏性”等要素来排名的话，张献忠绝对能登上榜首。
这些要素也使得张献忠很快就成为民军中的佼佼者，民军出陕西后，他的地位仅次于王嘉胤，与闯王高迎祥等并肩称雄。
高迎祥死后，张献忠与曹操（罗汝才）一起成为中原民军中的喋血双雄。
高迎祥、李自成等人有浓厚的乡土情结，始终眷恋着黄土高坡，只有在不得己的情况下才转战中原。张献忠、罗汝才等人没有这种情结，他们喜欢四处流动，以纵横江湖为乐趣。在群魔乱舞的中原地区，张献忠是跳得最欢的一个，他的身影无处不在。
到了崇祯十年左右，民军中出现了一股反思潮，他们不再盲目流动，开始反思自己，到底要干什么？倒底要得到什么？他们普遍感到了迷茫。
民军进入迷茫期，人心思定。这是熊文灿等人招抚成功的一个重要因素。
事实上，民军想要的是和平与自由，当然也有荣华富贵。只有割距一方，才能实现这个理想，保障“革命的果实”。因此，这一时期的民军都固定在一个地方过日子，不再流动破坏，当然也没有放下手里的武器。
民军的这种思潮对于千疮百孔的明朝是一件好事，明朝可以借此机会喘一口气，恢复一些体力。
然而崇祯急于攘外，所以必须彻底安内，双方没有共识，再战不可避免。
崇祯十二年五月，就在官军举棋不定的时候，张献忠己透过各种管道感受到威胁，于是他杀死谷城知县，打开监狱、释放囚犯、掠夺府库，然后开往房县与罗汝才部汇合。罗汝才与张献忠联合攻下房县县城，然后率部转入西部山区。
张献忠造反时，在墙壁上书写留言，表明造反的原因是熊文灿等人对其敲诈勒索，并将受贿官员的名单写在墙上。
熊文灿自知大祸临头，为了将功赎罪，不顾他人死活，逼迫左良玉入山追击，左良玉不得己仓促追击，结果在罗猴山被民军伏击，副将罗岱被俘杀，左良玉拼死突出重围，军符印信尽失，官军士卒死者近万，逃回房县的不到一千人。
张献忠复叛的消息刚到北京，左良玉的败报就接踵而至，崇祯皇帝大怒，将熊文灿革职，同时将左良玉降三级戴罪自图。
熊文灿罪有应得，但是对于左良玉来说，受到处分实在是比窦娥还冤。
左良玉早就看出张献忠“反迹大露”，他建议熊文灿先发制人，发动突然袭击。熊文灿担心万一不能战胜，反而会逼反张献忠，更害怕引起连锁反应，使抚局前功尽弃，因此主张“慢慢来”。
应该说熊文灿的担忧并非毫无道理，作为领导，总是要考虑到责任和风险的问题，往往不求有功，但求无过，所以做事都比较慎重，熊文灿这样的草包领导更是没有勇气和魄力去冒险。
但是左良玉下面的分析完全可以打消熊文灿的顾虑。
左良玉说：“不然，‘逆贼’擅长流动作战，不擅长守城，如果出其不意、攻其不备，‘贼兵’必定会恐慌逃散，而其它部众一时难以心齐，必定采取观望态度，这样就能一举攻下谷城，擒获张献忠，如果错过这个时机，后悔莫及。”
左良玉的一番分析充分证明了他是一个实战经验丰富的军事家。他不仅充分了解敌我双方的优劣，还懂得运用心理战（造成敌人恐慌），而且擅于捕捉战机，明了各种利害关系，能厘清许多似是而非的问题，直达真理的彼岸。
这正是诸多纸上谈兵的文官督师所缺乏的能力。
如果熊文灿是一个有责任有担当的领导，他就一定会听取左良玉的意见，如果他只想做一个不求有功但求无过的太平官，他会置若罔闻。
非常遗憾，熊文灿属于后者。他的问题不在于无知，而在于缺乏责任感。他的可恶之处也不仅仅在于缺乏责任感，而在于为了自己的利益不顾他人死活。
老虎在笼子里的时候，他不让左良玉捉，纵虎归山后，又逼着左良玉去捉。
结果左良玉没捉着老虎，还差点把命丢了，气正无处撒，又得了处分，这一切都是熊文灿造成的，他对熊文灿的意见大了去了。